Slechts < 2% van de kinderen met obesitas heeft een onderliggende aandoening [9]. Voor kinderen met alleen overgewicht ligt dit percentage nog lager. Toch blijft alertheid op een organische aandoening van belang. Een belangrijk alarmsymptoom is bijkomende vertraagde lengtegroei of vertraagde psychomotore ontwikkeling [205].
Voorbeelden hiervan zijn het syndroom van Prader-Willi en het syndroom van Bardet-Biedl (beide aandoeningen gaan gepaard met mentale retardatie en dysmorfieën), het syndroom van Cushing (romp-obesitas, hirsutisme, afbuigende lengte), verworven hypothyreoïdie, groeihormoondeficiëntie of een ruimte-innemend proces in cerebro [205].