ASS is een multifactoriële aandoening met een hoge erfelijke verklaarbaarheid van ongeveer 60% [119]. Het gaat niet om een enkel gen, maar om afwijkingen in meerdere genen en omgevingsfactoren die daarbij een rol spelen [25]. Chromosoomonderzoek en vooral DNA onderzoek maakt een enorme opmars. In het recente verleden is door verschillende grote consortia onderzoek verricht om correlaties te leggen tussen bepaalde gebieden binnen het erfelijkheidsmateriaal en ASS. Een grote vooruitgang wordt echter verwacht wanneer next generation sequencing toegepast wordt bij grote groepen patiënten. Daarmee worden alle genen in een keer onderzocht en wordt de kans aanzienlijk groter dat de mogelijke oorzaken van ASS geleidelijk aan duidelijker worden. Het gaat niet alleen om een erfelijke aanleg, er moet ook een trigger of triggers zijn om de stoornis tot uiting te laten komen [124][147][56][132]. Welke dit zijn is nog niet bekend, mogelijk dat de biochemie hierin een rol speelt. Onderzoek naar neurotransmitters, zoals serotonine, dopamine en melatonine is in volle gang.
Al enige jaren wordt er gespeculeerd over de mogelijke invloed van vaccinaties op het verkrijgen van ASS. De publicatie van Wakefield et al ([149]) in de Lancet heeft de nodige ellende veroorzaakt. De Gezondheidsraad heeft dit laten onderzoeken en heeft in 2007 een rapport uitgegeven onder de titel: “BMR-vaccinaties en autisme: geen aanwijzingen voor verband”. Ook verschillende internationale onderzoekers onderstrepen deze visie [135][72]. Het artikel van Wakefield en zijn collegae is in 2010 officieel teruggetrokken uit de Lancet. Zij zijn schuldig bevonden aan ernstig professioneel wangedrag [138].