Het natuurlijke beloop van koemelkallergie is niet geheel duidelijk omdat de weinige studies die hiernaar verricht zijn niet uniform zijn qua opzet. Duidelijk is dat koemelkallergie vaak niet tot de volwassen leeftijd blijft bestaan.
Uit een studie in een academisch ziekenhuis in de Verenigde Staten is gebleken dat bijna alle kinderen koemelkallergie in hun eerste levensjaar hadden ontwikkeld. Ongeveer 80% heeft klinische tolerantie ontwikkeld op de 5e verjaardag. Bijna 35% van deze kinderen ontwikkelden allergieën voor andere voedingsmiddelen, dit blijkt uit zelfrapportage ([18]). Kinderen met persisterende koemelkallergie hadden tijdens de eerste 2 levensjaren een hogere IgE-waarde dan de kinderen die tolerantie ontwikkelden.
Andere voorspellende factoren voor het ontwikkelen van tolerantie zijn de afwezigheid van astma of allergische rinitis en het nooit hebben gekregen van kunstvoeding. In een selecte patiëntenpopulatie bleek ook de snelheid waarmee de IgE-waarden daalden voorspellend te zijn voor de ontwikkeling van koemelktolerantie ([18]). Kinderen met een vertraagde allergische reactie zouden sneller tolerant worden dan kinderen met een acute reactie ([42]).
Er bestaan aanwijzingen dat blootstelling aan kleine doses koemelk geassocieerd is met persisterende koemelkallergie ([42]). Aan de andere kant worden kleine hoeveelheden melk verwerkt in producten soms goed verdragen en is het bij afwezigheid van klachten niet nodig deze uit het dieet te elimineren ([72]). Kleine hoeveelheden melk verwerkt in verhitte producten (bv. koekjes) worden vaak beter verdragen dan die in niet-verhitte producten en kunnen tolerantie voor koemelk zelfs versnellen ([93]).
Terracciano et al. vonden in een gerandomiseerde studie bij een geselecteerde groep kinderen in een derdelijnscentrum dat bij behandeling met soja of aminozuren van kinderen die niet allergisch zijn voor soja de duur van de koemelkallergie korter is in vergelijking met behandeling met koemelkhydrolysaat, waarin nog een residu aanwezig is van koemelkeiwit, namelijk gemiddeld 28 versus gemiddeld 56 maanden ([129]).
Op basis van de beschikbare literatuur is het niet mogelijk een uitspraak te doen welk type voeding de voorkeur heeft ten aanzien van de snelheid van tolerantieontwikkeling voor koemelk.
Introductie van bijvoeding vanaf 4 maanden wordt ook bij kinderen met koemelkallergie aanbevolen omdat het de kans op allergie voor andere voedingsmiddelen (zoals bv. kippenei of pinda’s) of voor andere uitingen van allergie (zoals astma) niet vergroot en mogelijk zelfs verkleint.