Coeliakie is een immuungemedieerde systemische aandoening die wordt uitgelokt door gluten en verwante prolaminen bij personen met een daarvoor gevoelige genetische aanleg en wordt gekenmerkt door een variabele combinatie van glutengeïnduceerde symptomen, specifieke antistoffen, een specifiek haplotype (HLA-DQ2 of -DQ8) en enteropathie ([60]). Deze nieuwe definitie vervangt voorgaande definities, waarbij enteropathie meer centraal stond.
Het HLA-haplotype is verreweg de belangrijkste, maar niet de enige genetische risicofactor; er zijn inmiddels tientallen genen bekend die de kans op coeliakie beïnvloeden. 95% van de coeliakiepatiënten is drager van HLA-DQ2.5; bij de resterende 5% is DQ8 of DQ2.2 aanwezig. Dit betekent dat 30-40% van de Nederlandse bevolking coeliakie kan ontwikkelen. In werkelijkheid komt coeliakie voor bij 1 op de 200 personen en ligt de huidige incidentie van gediagnosticeerde coeliakie bij kinderen tussen de 1 en 2 per 1000 ([30]; [124]). Klinisch uit de aandoening zich zeer variabel, van (vrijwel) symptoomloos tot ernstige dystrofie.
Voor het optreden van coeliakie is de ingestie van gluten als initiërende factor essentieel, maar de aandoening kan ontstaan op elke leeftijd na de introductie van gluten in het dieet. Bepaalde glutenpeptiden worden herkend door HLA-DQ2 en of HLA-DQ8 op antigeenpresenterende cellen, waarna T-cellen worden geactiveerd. Deaminering van de glutamineresiduen in de glutenpeptiden tot glutaminezuur door het enzym transglutaminase type 2 versterkt de antigene eigenschappen ervan. Hierdoor komt de afweerreactie pas goed op gang. Lymfocyten concentreren zich in het darmepitheel en ontketenen daar een ontstekingsproces dat leidt tot de enteropathie, zich uitend in cryptehyperplasie en vervolgens vlokatrofie. De afweerreactie gaat gepaard met de vorming van antilichamen tegen gliadinepeptiden, endomysium en transglutaminase type 2.